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科目の基本情報
| 開講年度 | 2021 年度 | |
|---|---|---|
| 開講区分 | 生物資源学部 | |
| 受講対象学生 |
生物圏生命化学科・海洋生命分子化学教育コース 学部(学士課程) : 3年次 |
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| 選択・必修 | 必修 教育コース必修科目 |
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| 授業科目名 | バイオインフォマティクス | |
| ばいおいんふぉまてぃくす | ||
| Bioinformatics | ||
| 単位数 | 2 単位 | |
| ナンバリングコード | BIOR-Life-2231-006
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| 開放科目 | 非開放科目 | |
| 開講学期 |
前期 |
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| 開講時間 |
火曜日 3, 4時限 |
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| 授業形態 |
ハイブリッド授業 * 状況により変更される可能性があるので定期的に確認して下さい
「オンライン授業」・・・オンライン会議ツール等を利用して実施する同時双方向型の授業 |
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| 開講場所 | 生物資源学部校舎1階117教室 | |
| 担当教員 | 舩原大輔（生物資源学部） | |
| FUNABARA, Daisuke | ||
| SDGsの目標 |
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| 連絡事項 | * 状況により変更される可能性があるので定期的に確認して下さい |
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学修の目的と方法
| 授業の概要 | 本授業では，生物情報データベース（①DNA/RNA塩基配列データベース，②タンパク質配列データベース，③タンパク質立体構造データベース，④文献データベース など）に登録されている遺伝子やタンパク質の情報を解析するための方法や技術について学ぶ。コンピュータを用いてインターネット上の情報を適切に取得し，ソフトウェアを用いて情報を処理・解析できるようになる。毎回の授業テーマに沿った情報をデータベースから取得し，ソフトウェアを用いて処理・解析する。 |
|---|---|
| 学修の目的 | 生物情報データベースから、生命現象にかかわる物質（遺伝子、タンパク質など）に関する情報を取得し、それらの機能について解析し、それらが生命現象においてどのような役割を担っているのかを理解できるようになる。 |
| 学修の到達目標 | 生物情報データベースから、生命現象にかかわる物質（遺伝子、タンパク質など）に関する情報を取得できる、 それらの機能について解析できる。 それらが生命現象においてどのような役割を担っているのかを理解できる。 |
| ディプロマ・ポリシー |
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| 成績評価方法と基準 | レポート100% |
| 授業の方法 | 講義 |
| 授業の特徴 |
Moodleを活用する授業 その他、能動的要素を加えた授業（ミニッツペーパー、シャトルカードなど） |
| 授業改善の工夫 | |
| 教科書 | 「Webで実践 生物学情報リテラシー」 広川貴次／美宅成樹 著 中山書店 ISBN978-4-521-73772-0 |
| 参考書 | |
| オフィスアワー | 授業開講日12:00-13:00 |
| 受講要件 | |
| 予め履修が望ましい科目 | 分子生物学 |
| 発展科目 | |
| その他 |
教員免許・各種資格取得に関連した科目 (注 : 必ず入学年度の学修（習）要項で確認してください) |
授業計画
| MoodleのコースURL |
https://moodle.mie-u.ac.jp/moodle35/course/view.php?id=5210 |
|---|
| キーワード | 生物情報データベース、遺伝子、タンパク質、コンピュータ、アミノ酸配列、塩基配列、タンパク質立体構造、ゲノムデータべス |
|---|---|
| Key Word(s) | Bioinformation database, gene, protein, computer, amino acid sequence, nucleotide sequence, protein structure, genome database |
| 学修内容 | 第１回：生物学データベースからの情報取得(1) タンパク質配列データ取得（Genome Net），タンパク質立体構造データ検索（PDB） 第２回：生物学データベースからの情報取得(2) 遺伝子情報の検索（KEGG GENES），ゲノム種別配列の取得（NCBI FTP） 第３回：配列の比較(1) 相同性配列検索（BLAST），多重配列アラインメント（Clustal X，Phylodendron） 第４回：配列の比較(2) プライマー設計（Primer3） 第５回：タンパク質立体構造予測(1) ホモロジーモデリング法（SWISS-MODEL） 第６回：タンパク質立体構造予測(2) タンパク質－タンパク質ドッキングによるタンパク質複合体予測（ClusPro），タンパク質折りたたみ体験（Foldit） 第７回：文献データベース(1) 指定した論文の検索（PubMed），Advanced 機能による検索（PubMed） 第８回：文献データベース(2) MeSH項を利用した広域論文の検索（PubMed），My NCBIによる個人設定（Entrez） 第９回：配列情報からのタンパク質機能予測 モチーフ検索（InterPro），シグナルペプチド予測（SignalP） 第１０回：配列情報からのタンパク質機能予測 細胞内局在予測（PSORT），膜タンパク質予測（SOSUI） 第１１回：立体構造からのタンパク質機能予測 活性ポケット候補部位探索（CASTp） 第１２回：立体構造からのタンパク質機能予測 リガンド結合および活性部位予測（PINTS），静電ポテンシャル解析（eF-surf） 第１３回：ゲノムデータ ゲノムプロジェクト検索（GOLD），遺伝子検索（Map Viewer） 第１４回：生体情報ネットワーク 代謝データベース検索（KEGG），化合物，遺伝子情報検索（DrugBank），ネットワークの可視化と編集（Cytoscape） 第１５回：創薬研究 化合物類似性検索（PubChem），タンパク質と化合物のドッキング計算（SwissDock） |
| 事前・事後学修の内容 | 予習・復習：各回４時間 第１回：生物学データベースからの情報取得(1) タンパク質配列データ取得（Genome Net），タンパク質立体構造データ検索（PDB）の予習・復習 第２回：生物学データベースからの情報取得(2) 遺伝子情報の検索（KEGG GENES），ゲノム種別配列の取得（NCBI FTP）の予習・復習 第３回：配列の比較(1) 相同性配列検索（BLAST），多重配列アラインメント（Clustal X，Phylodendron）の予習・復習 第４回：配列の比較(2) プライマー設計（Primer3）の予習・復習 第５回：タンパク質立体構造予測(1) ホモロジーモデリング法（SWISS-MODEL）の予習・復習 第６回：タンパク質立体構造予測(2) タンパク質－タンパク質ドッキングによるタンパク質複合体予測（ClusPro），タンパク質折りたたみ体験（Foldit）の予習・復習 第７回：文献データベース(1) 指定した論文の検索（PubMed），Advanced 機能による検索（PubMed）の予習・復習 第８回：文献データベース(2) MeSH項を利用した広域論文の検索（PubMed），My NCBIによる個人設定（Entrez）の予習・復習 第９回：配列情報からのタンパク質機能予測 モチーフ検索（InterPro），シグナルペプチド予測（SignalP）の予習・復習 第１０回：配列情報からのタンパク質機能予測 細胞内局在予測（PSORT），膜タンパク質予測（SOSUI）の予習・復習 第１１回：立体構造からのタンパク質機能予測 活性ポケット候補部位探索（CASTp）の予習・復習 第１２回：立体構造からのタンパク質機能予測 リガンド結合および活性部位予測（PINTS），静電ポテンシャル解析（eF-surf）の予習・復習 第１３回：ゲノムデータ ゲノムプロジェクト検索（GOLD），遺伝子検索（Map Viewer）の予習・復習 第１４回：生体情報ネットワーク 代謝データベース検索（KEGG），化合物，遺伝子情報検索（DrugBank），ネットワークの可視化と編集（Cytoscape）の予習・復習 第１５回：創薬研究 化合物類似性検索（PubChem），タンパク質と化合物のドッキング計算（SwissDock）の予習・復習 |
| 事前学修の時間: 事後学修の時間:240分/回 |