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| 開講年度 | 2019 年度 | |
|---|---|---|
| 開講区分 | 生物資源学研究科(博士前期課程)生物圏生命科学専攻 | |
| 受講対象学生 |
大学院(修士課程・博士前期課程・専門職学位課程) : 1年次 |
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| 選択・必修 | 選択必修 |
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| 授業科目名 | 分子生物情報学特論 | |
| ぶんしせいぶつじょうほうがくとくろん | ||
| Advanced Molecular Bioinformatics | ||
| 単位数 | 2 単位 | |
| ナンバリングコード | BO-AGCH-4
※最初の2文字は開講主体、続く4文字は分野、最後の数字は開講レベルを表します。 |
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| 開放科目 | 非開放科目 | |
| 開講学期 |
前期 |
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| 開講時間 |
木曜日 3, 4時限 |
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| 開講場所 | 生物資源学部 2階 201号室 | |
| 担当教員 | 三宅英雄（生物資源学研究科） | |
| MIYAKE Hideo | ||
| 授業の概要 | 化学平衡、エネルギー、エンタルピー・エントロピー、反応速度、分光学、ゲノム情報、構造生物学、オミックス、合成生物学などについて、それらの概念がどのように高分子化合物の構造や機能の理解に資するかについて、学士課程における物理化学、生物物理化学の内容を踏まえて解説する。また、様々な生物情報解析、および生物情報データベース活用についても適宜言及する。 |
|---|---|
| 学修の目的 | 生体物質や生命現象に関する，遺伝子情報や物理化学的情報の取得に使われる手法とその原理を理解し，必要に応じて各自の課題研究と結びつけて理解することができる． |
| 学修の到達目標 | ・生体物質に関連したマクロ，ミクロな物理化学的情報を得るために、どのような解析手法が使われているか，具体例を挙げて説明することができる． ・それらの解析法の基礎的な原理を理解し，説明することができる． ・関連する計算問題を、有効数字と単位に留意しながら適切に解くことができる。 ・生物情報データベースを活用し、課題研究に取り入れることができる． |
| ディプロマ・ポリシー |
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| 成績評価方法と基準 | 開講回数の2/3以上の出席を前提とし,期末試験で評価する.100%. 期末試験は，筆記試験および学修成果発表とする． 筆記試験は、学士課程の「物理化学」、「生物物理化学」等の発展問題を想定する。 |
| 授業の方法 | 講義 |
| 授業の特徴 |
Moodleを活用する授業 |
| 授業改善の工夫 | 基礎的な事項をふまえながら,応用例を意識して講義する. |
| 教科書 | 指定しない． |
| 参考書 | 参考書：「生命科学系のための物理化学」東京化学同人 有益なインターネットサイト： eProtS: タンパク質構造百科事典, http://pdbj.org/eprots/index_ja.cgi NCBI Tutorials, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/tutorials.shtml |
| オフィスアワー | 月曜日16:20～17:00、生物資源学部校舎５７６号室（三宅） |
| 受講要件 | 特になし |
| 予め履修が望ましい科目 | 物理化学,生物物理化学,および物理化学実験（いずれも学士課程開講科目）を履修していれば理解がより容易となる. |
| 発展科目 | |
| その他 |
| MoodleのコースURL |
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| キーワード | 生化熱力学、酵素反応速度論、分光学、タンパク質、構造解析、ゲノム、オミックス、合成生物学 |
|---|---|
| Key Word(s) | biothermodynamics, enzyme kinetics, spectroscopy, genomics, protein, protein structure, omics, synthetic biology |
| 学修内容 | 学士課程の物理化学、生物物理化学、物理化学実験等の内容を基礎として、やや高度な内容や生化学系への応用について学習する．受講者の学修履歴によっては，学士課程レベルの内容の復習を含むことがある． １回目 序論 物理量、単位、有効数字 ２、３回目 酸・塩基平衡 弱酸・弱塩基の解離平衡、緩衝液、イオン化エンタルピー、イオン濃度、活量と活量係数 ４～６回目 生化熱力学 エンタルピー（反応熱）、熱容量、エントロピー、ギブズエネルギー、標準状態、タンパク質の変性とＤＳＣ、結合熱とＩＴＣ ７、８回目 反応速度論 反応速度、反応速度定数、反応速度式、反応次数、活性化エネルギー、酵素反応速度論、酵素反応機構、高速反応とその測定、 ９、１０回目 分光学 粒子性、波動性、可視・紫外吸収、蛍光、円二色性、振動スペクトル、生化学と分光学 １１～１４回目 ゲノム情報の解析とその応用 相同性検索、タンパク質の立体構造と可視化、ゲノム情報、トランスクリプトームとプロテオーム、代謝経路とメタボローム、合成生物学と産業への応用、文献検索データベース １５回目 期末試験 １６回目 試験の解説、まとめ |
| 事前・事後学修の内容 | 配付資料等における演習問題を各自で解くことが望ましい． 関連内容の学術論文を随時紹介する．それを本講義内容と関連づけて、講義の前後に読むのが望ましい． |