三重大学ウェブシラバス

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科目の基本情報

開講年度	2019 年度
開講区分	生物資源学部

受講対象学生	生物圏生命化学科・海洋生命分子化学教育コース学部(学士課程) : 3年次
選択・必修	必修教育コース必修科目
授業科目名	バイオインフォマティクス
	ばいおいんふぉまてぃくす
	Bioinformatics
単位数	2 単位
ナンバリングコード	BO-BIOL-2 ナンバリングコード一覧表はこちら ※最初の2文字は開講主体、続く4文字は分野、最後の数字は開講レベルを表します。

開放科目	非開放科目
開講学期	前期
開講時間	火曜日 3, 4時限
開講場所	未定
担当教員	舩原大輔（生物資源学部）
担当教員	FUNABARA, Daisuke

学修の目的と方法

授業の概要	本授業では，生物情報データベース（①DNA/RNA塩基配列データベース，②タンパク質配列データベース，③タンパク質立体構造データベース，④文献データベース　など）に登録されている遺伝子やタンパク質の情報を解析するための方法や技術について学ぶ。コンピュータを用いてインターネット上の情報を適切に取得し，ソフトウェアを用いて情報を処理・解析できるようになる。毎回の授業テーマに沿った情報をデータベースから取得し，ソフトウェアを用いて処理・解析する。
学修の目的	生物情報データベースから、生命現象にかかわる物質（遺伝子、タンパク質など）に関する情報を取得し、それらの機能について解析し、それらが生命現象においてどのような役割を担っているのかを理解できるようになる。
学修の到達目標	生物情報データベースから、生命現象にかかわる物質（遺伝子、タンパク質など）に関する情報を取得できる、それらの機能について解析できる。それらが生命現象においてどのような役割を担っているのかを理解できる。
ディプロマ・ポリシー	○ 学科・コース等の教育目標 ○ JABEE 関連項目　幅広い教養と倫理観、国際感覚を身につけ、豊かな人間性を有している。 ○生命、環境、食料、健康等に関する生物資源学の基本的な知識と技術、経験を有している。　科学的で論理的な思考を展開することができ、計画的に問題の解決に取り組むことができる。　豊かなコミュニケーション能力を持ち、他者と協力して行動することができる。　社会の変化に柔軟かつ自律的に対応し、発展的に生きていくことができる。 ○ 全学の教育目標感じる力　感性　共感 ○主体性考える力　幅広い教養 ○専門知識・技術　論理的・批判的思考力コミュニケーション力　表現力(発表・討論・対話) 　リーダーシップ・フォロワーシップ　実践外国語力生きる力 ○問題発見解決力　心身・健康に対する意識　社会人としての態度・倫理観
成績評価方法と基準	レポート100%
授業の方法	講義
授業の特徴	PBL 特色ある教育 Moodleを活用する授業その他、能動的要素を加えた授業（ミニッツペーパー、シャトルカードなど）英語を用いた教育
授業改善の工夫
教科書	「Webで実践　生物学情報リテラシー」広川貴次／美宅成樹　著　中山書店　ISBN978-4-521-73772-0
参考書
オフィスアワー	授業開講日12:00-13:00
受講要件
予め履修が望ましい科目	分子生物学
発展科目
その他	教員免許・各種資格取得に関連した科目 (注 : 必ず入学年度の学修（習）要項で確認してください)

授業計画

MoodleのコースURL

キーワード	生物情報データベース、遺伝子、タンパク質、コンピュータ、アミノ酸配列、塩基配列、タンパク質立体構造、ゲノムデータべス
Key Word(s)	Bioinformation database, gene, protein, computer, amino acid sequence, nucleotide sequence, protein structure, genome database
学修内容	第１回：生物学データベースからの情報取得(1) タンパク質配列データ取得（Genome Net），タンパク質立体構造データ検索（PDB）第２回：生物学データベースからの情報取得(2) 遺伝子情報の検索（KEGG GENES），ゲノム種別配列の取得（NCBI FTP）第３回：配列の比較(1) 相同性配列検索（BLAST），多重配列アラインメント（Clustal X，Phylodendron）第４回：配列の比較(2) プライマー設計（Primer3）第５回：タンパク質立体構造予測(1) ホモロジーモデリング法（SWISS-MODEL）第６回：タンパク質立体構造予測(2) タンパク質－タンパク質ドッキングによるタンパク質複合体予測（ClusPro），タンパク質折りたたみ体験（Foldit）第７回：文献データベース(1) 指定した論文の検索（PubMed），Advanced 機能による検索（PubMed）第８回：文献データベース(2) MeSH項を利用した広域論文の検索（PubMed），My NCBIによる個人設定（Entrez）第９回：配列情報からのタンパク質機能予測　モチーフ検索（InterPro），シグナルペプチド予測（SignalP）第１０回：配列情報からのタンパク質機能予測　細胞内局在予測（PSORT），膜タンパク質予測（SOSUI）第１１回：立体構造からのタンパク質機能予測　活性ポケット候補部位探索（CASTp）第１２回：立体構造からのタンパク質機能予測　リガンド結合および活性部位予測（PINTS），静電ポテンシャル解析（eF-surf）第１３回：ゲノムデータゲノムプロジェクト検索（GOLD），遺伝子検索（Map Viewer）第１４回：生体情報ネットワーク　代謝データベース検索（KEGG），化合物，遺伝子情報検索（DrugBank），ネットワークの可視化と編集（Cytoscape）第１５回：創薬研究　化合物類似性検索（PubChem），タンパク質と化合物のドッキング計算（SwissDock）
事前・事後学修の内容	第１回：生物学データベースからの情報取得(1) タンパク質配列データ取得（Genome Net），タンパク質立体構造データ検索（PDB）の予習・復習第２回：生物学データベースからの情報取得(2) 遺伝子情報の検索（KEGG GENES），ゲノム種別配列の取得（NCBI FTP）の予習・復習第３回：配列の比較(1) 相同性配列検索（BLAST），多重配列アラインメント（Clustal X，Phylodendron）の予習・復習第４回：配列の比較(2) プライマー設計（Primer3）の予習・復習第５回：タンパク質立体構造予測(1) ホモロジーモデリング法（SWISS-MODEL）の予習・復習第６回：タンパク質立体構造予測(2) タンパク質－タンパク質ドッキングによるタンパク質複合体予測（ClusPro），タンパク質折りたたみ体験（Foldit）の予習・復習第７回：文献データベース(1) 指定した論文の検索（PubMed），Advanced 機能による検索（PubMed）の予習・復習第８回：文献データベース(2) MeSH項を利用した広域論文の検索（PubMed），My NCBIによる個人設定（Entrez）の予習・復習第９回：配列情報からのタンパク質機能予測　モチーフ検索（InterPro），シグナルペプチド予測（SignalP）の予習・復習第１０回：配列情報からのタンパク質機能予測　細胞内局在予測（PSORT），膜タンパク質予測（SOSUI）の予習・復習第１１回：立体構造からのタンパク質機能予測　活性ポケット候補部位探索（CASTp）の予習・復習第１２回：立体構造からのタンパク質機能予測　リガンド結合および活性部位予測（PINTS），静電ポテンシャル解析（eF-surf）の予習・復習第１３回：ゲノムデータゲノムプロジェクト検索（GOLD），遺伝子検索（Map Viewer）の予習・復習第１４回：生体情報ネットワーク　代謝データベース検索（KEGG），化合物，遺伝子情報検索（DrugBank），ネットワークの可視化と編集（Cytoscape）の予習・復習第１５回：創薬研究　化合物類似性検索（PubChem），タンパク質と化合物のドッキング計算（SwissDock）の予習・復習

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