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科目の基本情報

開講年度 2017 年度
開講区分 生物資源学部
受講対象学生 生物圏生命科学科・応用生命化学教育コース
学部(学士課程) : 3年次
選択・必修 選択必修
教育コース選択必修:マリンバイオプロ指定科目
授業科目名 バイオインフォマティクス
ばいおいんふぉまてぃくす
Bioinformatics
単位数 2 単位
他学部・他研究科からの受講
市民開放授業 市民開放授業ではない
開講学期

前期

開講時間 火曜日 3時限
開講場所 未定

担当教員 舩原大輔(生物資源学部)

FUNABARA, Daisuke

学習の目的と方法

授業の概要 本授業では,生物情報データベース(①DNA/RNA塩基配列データベース,②タンパク質配列データベース,③タンパク質立体構造データベース,④文献データベース など)に登録されている遺伝子やタンパク質の情報を解析するための方法や技術について学ぶ。コンピュータを用いてインターネット上の情報を適切に取得し,ソフトウェアを用いて情報を処理・解析できるようになる。毎回の授業テーマに沿った情報をデータベースから取得し,ソフトウェアを用いて処理・解析する。
学習の目的 生物情報データベースから、生命現象にかかわる物質(遺伝子、タンパク質など)に関する情報を取得し、それらの機能について解析し、それらが生命現象においてどのような役割を担っているのかを理解できるようになる。
学習の到達目標 生物情報データベースから、生命現象にかかわる物質(遺伝子、タンパク質など)に関する情報を取得できる、
それらの機能について解析できる。
それらが生命現象においてどのような役割を担っているのかを理解できる。
ディプロマ・ポリシー
○ 学科・コース等の教育目標
○ JABEE 関連項目

○ 全学の教育目標
感じる力
  •  感性
  •  共感
  •  倫理観
  •  モチベーション
  • ○主体的学習力
  •  心身の健康に対する意識
考える力
  •  幅広い教養
  • ○専門知識・技術
  •  論理的思考力
  •  課題探求力
  •  問題解決力
  •  批判的思考力
コミュニケーション力
  •  情報受発信力
  •  討論・対話力
  •  指導力・協調性
  •  社会人としての態度
  •  実践外国語力
生きる力
  •  感じる力、考える力、コミュニケーション力を総合した力

授業の方法 講義

授業の特徴 能動的要素を加えた授業 Moodle

教科書 「Webで実践 生物学情報リテラシー」
広川貴次/美宅成樹 著 中山書店 ISBN978-4-521-73772-0
参考書
成績評価方法と基準 レポート100%
オフィスアワー 毎週火曜日12:00-13:00
受講要件
予め履修が望ましい科目 分子生物学
発展科目
授業改善への工夫
その他 教員免許・各種資格取得に関連した科目 (注 : 必ず入学年度の学習要項で確認してください)

授業計画

キーワード 生物情報データベース、遺伝子、タンパク質、コンピュータ、アミノ酸配列、塩基配列、タンパク質立体構造、ゲノムデータべス
Key Word(s) Bioinformation database, gene, protein, computer, amino acid sequence, nucleotide sequence, protein structure, genome database
学習内容 第1回:生物学データベースからの情報取得(1) タンパク質配列データ取得(Genome Net),タンパク質立体構造データ検索(PDB)
第2回:生物学データベースからの情報取得(2) 遺伝子情報の検索(KEGG GENES),ゲノム種別配列の取得(NCBI FTP)
第3回:配列の比較(1) 相同性配列検索(BLAST),多重配列アラインメント(Clustal X,Phylodendron)
第4回:配列の比較(2) プライマー設計(Primer3)
第5回:タンパク質立体構造予測(1) ホモロジーモデリング法(SWISS-MODEL)
第6回:タンパク質立体構造予測(2) タンパク質-タンパク質ドッキングによるタンパク質複合体予測(ClusPro),タンパク質折りたたみ体験(Foldit)
第7回:文献データベース(1) 指定した論文の検索(PubMed),Advanced 機能による検索(PubMed)
第8回:文献データベース(2) MeSH項を利用した広域論文の検索(PubMed),My NCBIによる個人設定(Entrez)
第9回:配列情報からのタンパク質機能予測 モチーフ検索(InterPro),シグナルペプチド予測(SignalP)
第10回:配列情報からのタンパク質機能予測 細胞内局在予測(PSORT),膜タンパク質予測(SOSUI)
第11回:立体構造からのタンパク質機能予測 活性ポケット候補部位探索(CASTp)
第12回:立体構造からのタンパク質機能予測 リガンド結合および活性部位予測(PINTS),静電ポテンシャル解析(eF-surf)
第13回:ゲノムデータ ゲノムプロジェクト検索(GOLD),遺伝子検索(Map Viewer)
第14回:生体情報ネットワーク 代謝データベース検索(KEGG),化合物,遺伝子情報検索(DrugBank),ネットワークの可視化と編集(Cytoscape)
第15回:創薬研究  化合物類似性検索(PubChem),タンパク質と化合物のドッキング計算(SwissDock)
学習課題(予習・復習) 第1回:生物学データベースからの情報取得(1) タンパク質配列データ取得(Genome Net),タンパク質立体構造データ検索(PDB)の予習・復習
第2回:生物学データベースからの情報取得(2) 遺伝子情報の検索(KEGG GENES),ゲノム種別配列の取得(NCBI FTP)の予習・復習
第3回:配列の比較(1) 相同性配列検索(BLAST),多重配列アラインメント(Clustal X,Phylodendron)の予習・復習
第4回:配列の比較(2) プライマー設計(Primer3)の予習・復習
第5回:タンパク質立体構造予測(1) ホモロジーモデリング法(SWISS-MODEL)の予習・復習
第6回:タンパク質立体構造予測(2) タンパク質-タンパク質ドッキングによるタンパク質複合体予測(ClusPro),タンパク質折りたたみ体験(Foldit)の予習・復習
第7回:文献データベース(1) 指定した論文の検索(PubMed),Advanced 機能による検索(PubMed)の予習・復習
第8回:文献データベース(2) MeSH項を利用した広域論文の検索(PubMed),My NCBIによる個人設定(Entrez)の予習・復習
第9回:配列情報からのタンパク質機能予測 モチーフ検索(InterPro),シグナルペプチド予測(SignalP)の予習・復習
第10回:配列情報からのタンパク質機能予測 細胞内局在予測(PSORT),膜タンパク質予測(SOSUI)の予習・復習
第11回:立体構造からのタンパク質機能予測 活性ポケット候補部位探索(CASTp)の予習・復習
第12回:立体構造からのタンパク質機能予測 リガンド結合および活性部位予測(PINTS),静電ポテンシャル解析(eF-surf)の予習・復習
第13回:ゲノムデータ ゲノムプロジェクト検索(GOLD),遺伝子検索(Map Viewer)の予習・復習
第14回:生体情報ネットワーク 代謝データベース検索(KEGG),化合物,遺伝子情報検索(DrugBank),ネットワークの可視化と編集(Cytoscape)の予習・復習
第15回:創薬研究  化合物類似性検索(PubChem),タンパク質と化合物のドッキング計算(SwissDock)の予習・復習
ナンバリングコード(試行) BO-BIOL-2

※最初の2文字は開講主体、続く4文字は分野、最後の数字は開講レベルを表します。 ナンバリングコード一覧表はこちら


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